Per decorare questa doppia chiesa - la basilica superiore e la basilica inferiore - furono chiamati i migliori artisti in circolazione: prima i maestri del gotico francese (probabilmente grazie all'interessamento diretto di San Luigi, già re Luigi IX di Francia, molto legato al convento d'Assisi), dopo, dalla Toscana, Giunta Pisano, Arnolfo di Cambio, Cimabue, Simone Martini, Pietro Lorenzetti e anche un gruppo di pittori romani: Pietro Cavallini, Filippo Rusuti e Jacopo Torriti. Ma gli affreschi universalmente conosciuti che scorrono sulle pareti della navata e narrano la vita di San Francesco sono opera di Giotto, che "rimutò l'arte del dipingere dal greco al latino, e ridusse al moderno", come riassume Cennino Cennini nel XV secolo.

Anche questo luogo - visitato nel 1996 da oltre 6.500.000 di persone provenienti da 86 paesi diversi - il 26 settembre del 1997 è stato colpito dal terremoto che ha sconvolto l'Umbria e le Marche danneggiando in maniera gravissima la basilica e uccidendo, alcuni giorni dopo, quattro persone che stavano controllando i danni. Reso inagibile l'intero complesso dai lavori di restauro, è nata l'idea di organizzare una mostra itinerante con le migliori opere del Museo della Basilica con il duplice fine di fare conoscere meglio il Tesoro di San Francesco e di raccogliere i fondi indispensabili per il risanamento del complesso.

Le opere d'arte, sotto il titolo eloquente di "Assisi non più Assisi", hanno iniziato un lungo viaggio nel novembre 1998 dal Petit Palais di Parigi, per proseguire verso il Metropolitan Museum di New York e poi il Fine Arts Museum di San Francisco, diventando uno degli eventi espositivi più importanti del 1999, visitato da oltre 600.000 persone, e permettendo la raccolta di circa 500.000 milioni di fondi. L'ultima tappa è Milano, dove la mostra resterà aperta fino al 5 marzo negli antichi chiostri di S. Eustorgio, all'interno dei quali sta sorgendo il Museo Diocesano. "Assisi non più Assisi" è organizzata dal Sacro Convento di San Francesco assieme al Ministero per i Beni e le Attività Culturali, alla Biblioteca Apostolica e al Museo Diocesano di Milano, con l'apporto di numerosi sponsor privati.

La mostra è composta da arredi liturgici, dipinti, sculture, vetri e codici miniati, tutti oggetti ideati e fabbricati appositamente per il santuario, ai quali si è aggiunta nell'ultimo secolo la collezione di Francis Mason-Perkins, storico e critico americano, che annovera straordinari esemplari di tavole di scuola umbro-toscana del XIV e XV secolo. Insomma, una raccolta di "segni di venerazione" di eccezionale valore, creata grazie alla presenza ad Assisi di pontefici, firmatari e proprietari del santuario, di legati pontifici e di protettori dell'ordine, mentre la pregiata biblioteca è stata anche opera di giovani frati impegnati nella decorazione dei codici che coprivano tutto il sapere del tempo.

La storia di questo tesoro è ricca di episodi spesso drammatici, come il primo saccheggio avvenuto già nel 1319 da parte del ghibellino Muzio di Ser Francesco, e una spoliazione portata a compimento nel 1497 dagli stessi cittadini di Assisi per coprire le spese delle lotte tra le varie fazioni della città. Immancabile anche l'interessamento delle truppe di Napoleone nel 1798, che portarono via ben 1.144 libbre d'argento e molte opere d'arte, cui seguì un lungo periodo durante il quale il convento fu assillato da gravi problemi finanziari a tal punto da essere autorizzato a vendere, in più occasioni, parte del proprio patrimonio. Con l'Unità d'Italia furono soppresse le corporazioni religiose e la biblioteca passò al Comune di Assisi: solo nel 1927 il convento è ritornato ai francescani.

Tra i molti capolavori esposti c'è il calice donato attorno al 1290 dal primo papa francescano, Niccolò IV , unica opera firmata dal senese Duccio di Mannaia, considerata un capolavoro assoluto dell'oreficeria medievale, di una ricchezza senza paragoni per composizione e per materiali, con ben ottanta smalti figurati, e che divenne modello di riferimento per molto tempo.

Dalla collezione Mason-Perkins proviene la Madonna con Bambino del XV secolo, attribuita a Masolino da Panicale da Federico Zeri, profondo studioso della raccolta dello storico americano.

E' presente anche una selezione di reliquiari, tra cui il Reliquiario della Sacra Spina probabilmente donato da re Luigi IX, che aveva ricevuto da Baldovino II di Gerusalemme la presunta corona di spine di Gesù durante il suo viaggio verso Costantinopoli (1258-60). Per essa fece costruire a Parigi la Sainte Chapelle, e ne staccò alcune parti inviandole in vari luoghi, tra cui la Basilica di Assisi.

Sempre di provenienza francese un messale della metà del XIII secolo - Messale detto di San Ludovico - con raffigurato un Cristo dall'aspetto un po’ hippy.